Program Studi Magister Pertanian Tropika Basah Fakultas Pertanian Universitas Mulawarman berdiri berdasarkan Surat Izin Dirjen DIKTI No.182/D/T/2003, yang awalnya pada tahun 2001 merupakan Studi pada Program Magister Ilmu Kehutanan Universitas Mulawaman. Pada Tahun 2003 Program Magister ini berdiri sendiri berdasarkan Surat Izin DIRJEN DIKTI No. 132/D/T/2003. Saat ini terdiri dari 5 Peminatan (Agronomi, Ilmu Tanah, Proteksi Tanaman, Agribisnis, Teknologi Hasil Pertanian). Program Studi Magister Pertanian Tropika Basah telah Terakreditasi B berdasarkan SK BAN-PT Nomor : 1549/SK/BAN-PT/Ak.Ppj/M/IV/2023 Tanggal 26 April 2023.

Saat ini Program Studi Pertanian Tropika Basah dipimpin oleh seorang Koordinator Program Studi yang bertanggung jawab kepada Dekan Fakultas Pertanian Universitas Mulawarman.

Koordinator Program Studi Pertanian Tropika Basah Faperta Unmul saat ini adalah Dr. Ir. Ni’matuljannah Akhsan, M.P

Histori Kepemimpinan di Program Studi Pertanian Topika Basah:

Tahun 2003 – 2006	Direktur	⇒	Ir. Suyadi, MS.Ph.D
	Asdir I	⇒	Dr. Ir. Rusmadi, MS.
	Asdir II	⇒	Ir. Amjaya, MP.
	Asdir III	⇒	Dr. Ir. Encik Akhmad Syaifuddin, MP.
Tahun 2006 – 2010	Ketua	⇒	Ir. Suyadi, MS.Ph.D
	Sekretaris	⇒	Ir. Amjaya, MP.
Tahun 2010 – 2011	Ketua	⇒	Dr. Ir. Rusdiansyah, M.Si
	Sekretaris	⇒	Ir. Amjaya, MP.
Tahun 2012 – 2014	Ketua	⇒	Dr. Ir. Sadaruddin, MP.
	Sekretaris	⇒	Ir. Hj. Rita Mariati, MP.
Tahun 2014	Ketua	⇒	Prof. Dr. Ir. Ratna Nirmala, MS.
	Sekretaris	⇒	Dr. Hadi Pranoto, Sp., MP.
Tahun 2015 – 2016	Ketua	⇒	Prof. Dr. Ir. Ratna Nirmala, MS.
	Sekretaris	⇒	Dr. Ir. Siti Balkis, MP.
Tahun 2016 – 2017	Ketua	⇒	Dr. Ir. Rusdiansyah, M.Si
	Sekretaris	⇒	Dr. Ir. Ni’matuljannah Akhsan, MP.
Tahun 2017	Ketua	⇒	Dr. Ir. Taufan Purwo Kesumaning Daru, MP.
	Sekretaris	⇒	Dr. Ir. Ni’matuljannah Akhsan, MP.
Tahun 2017 – 2021	Ketua	⇒	Dr. Ir. Sadaruddin, MP.
	Sekretaris	⇒	Dr. Ir. Ni’matuljannah Akhsan, MP.
Tahun 2021 -2022	Koordinator	⇒	Prof. Dr. sc. agr. Nurhasanah, S.P., M.Si
Tahun 2022 -Sekarang	Koordinator	⇒	Dr. Ir. Ni’matuljannah Akhsan, MP.