Wisuda adalah upacara pengukuhan lulusan dan penyerahan ijazah yang dilaksanakan oleh Rektor, Dekan Fakultas dan Direktur Program Pascasarjana Universitas Mulawarman. Pelaksanaan wisuda Universitas Mulawarman diselenggarakan sebanyak empat kali dalam setahun, serta bilamana perlu dilaksanakan wisuda tambahan yang waktunya akan ditentukan kemudian oleh Rektor Universitas Mulawarman. Pelaksanaan dan pendaftaran wisuda diselenggarakan oleh Bagian Akademik, Biro Akademik dan Kemahasiswaan Universitas Mulawarman, berkoordinasi dengan Fakultas/Program Pascasarjana, Biro Umum dan Keuangan dan lembaga perbankan yang ditunjuk oleh Universitas sebagai penerima setoran biaya wisuda.

Pelaksanaan pendaftaran Wisuda dilakukan secara online, dengan alur yang dapat dilihat pada portal resmi, Sistem Pendafataran Wisuda Universitas Mulawarman. Dokumen pendukung yang harus dilampirkan pada saat pendaftaran dapat diunduh pada pertal tersebut.